در علم فیزیوتراپی مدرن؛ کاربردهای بالینی مگنت تراپی بسیار مورد توجه قرار گرفته است. موارد زیر؛ مهم ترین کاربردها را بیان می کند:

• درمان دردهای مفصلی و عضلانی(یکی از مهم‌ترین کاربردهای مگنت تراپی، درمان دردهای مزمن مانند آرتروز، کمردرد، درد گردن و شانه است. این روش می‌تواند التهاب مزمن را کاهش داده و احساس ناراحتی را در بیماران به‌ طور چشمگیری کم کند.به علاوه، این روش درمانی میزان هورمون اندورفین (مسکن‌های طبیعی بدن) را افزایش می‌دهد. در برخی گزارشات، کاهش درد با استفاده از مگنت تراپی به میزان 80 تا 90 درصد اشاره شده است.)
• کاهش اسپاسم و گرفتگی عضلات(میدان‌های مغناطیسی تأثیر آرامش‌ بخشی روی عضلات دارد؛ به همین خاطر، در بیمارانی با گرفتگی‌های مکرر عضلانی، به‌ ویژه در ناحیه کمر، گردن یا عضلات ساق، استفاده از دستگاه مگنت می‌تواند نقش قابل‌توجهی در کاهش تنش ایفا کند.در طول دوره درمان نیز، اسپاسم و انقباض‌های عضلانی برطرف می‌شود، استحکام کششی در رباط‌ها افزایش می‌یابد و متعاقب آن، مفاصل خیلی راحت‌تر حرکت می‌کند.
• درمان شکستگی‌های استخوان(تحریک سلول‌های استخوانی یا استئوبلاست‌ها برای تولید بافت جدید؛این درمان به‌خصوص برای بیمارانی که بهبود کندی در شکستگی‌ها دارند؛ مثلا افراد مسن یا دیابتی بسیار مفید است.)
• درمان آسیب‌های ورزشی(در مواردی مانند کشیدگی رباط، التهاب تاندون (تاندینیت) یا پارگی خفیف عضلات، دستگاه مگنت می‌تواند به کاهش سریع درد و ترمیم سریع‌تر بافت‌ها کمک کند.)
• بهبود گردش خون و ترمیم زخم‌ها(از مزایای مهم مگنت تراپی، تأثیر مثبت روی مویرگ‌ها و جریان خون موضعی است. میدان مغناطیسی، رگ‌های خونی را در ناحیه آسیب‌ دیده منبسط می‌کند و گردش خون را بهبود می‌بخشد. این امر باعث اکسیژن‌رسانی بهتر به بافت‌های آسیب‌دیده و ترمیم سریع‌تر زخم‌ها، مخصوصا در بیماران دیابتی با زخم‌های مزمن می‌شود.)
• درمان التهاب‌های عصبی مثل التهاب اعصاب دست و پا(میدان‌های مغناطیسی با کاهش ورم و بهبود جریان خون در اطراف اعصاب، التهاب عصبی را کم کرده و سرعت ترمیم بافت‌های آسیب‌ دیده را بالا می‌برد. این روش درمانی به خارج کردن مواد التهابی و اسید لاکتیک (فضولات عضلات) از بافت‌ها کمک می‌کند؛ در نتیجه تورم بافت‌ آسیب دیده کاهش می‌یابد و فرآیند درمان، تسریع می‌شود.)
• درمان درد‌های عصبی مثل سندرم تونل کارپال یا دردهای سوزشی ناشی از دیسک کمر(مگنت‌تراپی با کاهش تحریک‌پذیری فیبرهای عصبی و تنظیم پیام‌های درد، شدت دردهای عصبی مانند نوروپاتی، سیاتیک یا گزگز را کاهش می‌دهد)
• درمان مشکلات عصبی مثل مورمور شدن، خواب‌رفتگی یا کاهش حس در اندام‌ها(این روش با بهبود فعالیت سلولی و تعادل الکتریکی اطراف اعصاب، به عملکرد بهتر سیستم عصبی کمک می‌کند و علائم بی‌حسی، ضعف و اختلالات عصبی را کاهش می‌دهد.)
• بهبودی پس از عمل جراحی(میدان مغناطیسی روند ترمیم بافت، کاهش التهاب و تسریع خون‌رسانی را تقویت می‌کند، به همین دلیل به بهبود سریع‌تر و کاهش عوارض پس از جراحی کمک می‌کند.)
• بهبود عوارض ناشی از پوکی استخوان(تحریک تولید استخوان و جلوگیری از فقدان بیشتر آن؛ مگنت‌تراپی با تحریک سلول‌های استخوان‌ساز و بهبود گردش خون، دردهای ناشی از پوکی استخوان و محدودیت حرکتی را کاهش داده و کیفیت زندگی بیمار را بهتر می‌کند.)
• درمان درد‌های مزمن، مقاوم و چسبنده که سال‌هاست درمان نشده است(در خصوص دردهایی که سال‌ها درمان نشده‌اند، مگنت‌تراپی با بازگرداندن تعادل سلولی، کاهش التهاب عمیق و بهبود عملکرد عصبی می‌تواند روند درمان را فعال کرده و دردهای طولانی‌مدت را فروکش کند.)
• تقویت سیستم ایمنی و سم‌زدایی(مگنت تراپی سیستم ایمنی بدن را تقویت می‌کند؛ در نتیجه متابولیسم در بافت‌ها افزایش می‌یابد و فرآیندهای بازسازی و سم‌زدایی تحریک می‌شود.)
• بهبود خواب و تنظیم سیستم عصبی(مگنت تراپی، آرامش فیزیکی و ذهنی را افزایش می‌دهد و باعث می شود کیفیت خواب، افزایش قابل توجهی داشته باشد.بسیاری از مراجعه کنندگان، اذعان داشته اند که بعد از جلسات مغناطیس درمانی، خواب‌های بسیار با کیفیت و عمیقی را تجربه کرده‌اند که مدت‌ها بود تجربه نکرده بودند.)